东京药科大学和松下也参与了东京大学和积水化学的实验。利用广泛存在于土壤里的微生物“地杆菌(Geobacter)”，让微生物在廉价的金属电极表面繁殖，之后通过提高装置的密闭性来提高发电效率。
在利用可处理1升废水的小型装置进行的实验中，由微生物所发电力的40%得到了回收。从10月份开始将在积水化学的工厂内设置处理1000升(1立方米)废水的设备，启动废水处理所需电力的80%依靠“自给自足”的实验。要推向实用化，必须具备1天处理1000立方米废水的能力，将通过实验来解决面临的课题。未来输出功率有望达到10-20千瓦。计划10年以内推向实用化。
东京工业大学的大竹尚登教授成功开发出实现高效发电的系统。具体做法为在布满碳纳米管的网上繁殖面包酵母，然后让酵母分解有机物，和过去相比，发电效率提高至10倍。据称，在布满纳米管的网上微生物无法跑掉，发电效率因而得以提高。
微生物燃料电池的研究始于1970年代。工厂和家庭排出的废水中富含大量的有机物，可以在净化废水的同时实现发电。但是，一直以来由于发电效率太低，因此被认为很难推向实用化。
作为实用化所面临的课题，东京药科大学的渡边一哉教授指出“生物学和电气化学等不同学科领域的融合必不可少”。此前一直是微生物领域的研究人员在推进研发，如果擅长催化剂和材料研发的企业的研究人员也能参与研发，生物燃料电池的实用化将成为可能。
