孟早明则认为，问题在于很多地方配套资金没有落实，地方政府无法迈开步子组织技术支撑机构和第三方机构开展工作，而财政资金需要提前做预算，有复杂的申请流程。另外，各省基础工作也不一样，进度也会不一样。
“碳市场是个新鲜事，问题暴露出来了，大家才会想解决办法。”唐人虎认为，不管是6月30日，还是7月30日，截止日期的设定在于通过实际工作倒逼各地加快进度，准备阶段的各种问题才能暴露出来。
核查机构陷利益冲突
地方保护主义是核查机构反映的问题之一。
前述运营经理称，部分地方只允许本地机构入场，或者招标时设立不合理的门槛；有些地方又降低门槛，将当地一些不相关的机构纳入核查市场，机构本身风险抵抗能力不足，机构核查员的经历和专业性也无法保证核查质量，“有些根本不是审核机构，什么环保技术公司、监测站都进来了”。
“一方面是专业机构不在当地设立分公司就无法进入，另一方面部分本地入场机构专业性又不够。”该名运营经理认为，核查机构不专业会给纳入企业留下“碳交易很水，不太严肃”的印象。
也有机构认同地方政府偏向本土机构的做法。
孟早明说：“各地在实际遴选过程中有些本地化因素考虑是可以理解的，国家发改委1024号文和57号文实际上都鼓励各地培育本地化的第三方核查机构，因此各地在遴选第三方时设定了一些本地化门槛。”
去年5月下发的1024号文就提出，对本地区具备能力的第三方核查机构进行摸底，筛选一批在相关领域从业经验丰富的机构。同时，考虑全国碳排放权交易市场对第三方核查机构的需求，着力培育具备基础的第三方机构的业务，争取纳入全国碳排放权交易核查体系。
对于专业性和能力的问题，另一家在试点和非试点地区都获得了核查资质的第三方机构也有所感触：“核查机构能力参差不齐是比较突出的问题。有些地方开始得比较慢，没有经验丰富的低碳服务机构，于是就把一些不相关的机构比如做节能的也纳入进来。当然，后续可以通过实践和能力建设加强它们的专业性，但报告和工作质量与经验丰富的传统第三方相比有一定的差距。”
对此，唐人虎提醒，若严格按照试点地区或57号文附件的建议来筛选核查机构，那就无法按时完成核查工作。他认为比起能力，最终要看的还是结果，刚开始的时候必然会这样，这是一个逐步淘汰的过程。有些地方的设计院、工程咨询中心真投入力量去做，一定会差吗？他反问道。
孟早明表示，应该以开放的心态来看待核查机构的成长。地方遴选的第三方核查机构中，有过实际核查经验的确实不多，但有相当一部分机构各有优势。任何一家核查机构都有一个发展过程，作为监管机构，关键是把握好复查（抽查）。相信第一轮核查后，各省发改委对参与核查任务的第三方机构的核查表现，会有一个系统全面的了解和评判。
另外，据统计发现，约20家核查机构（不计入分公司）同时从事着碳资产管理或碳交易的活动，它们已获得19个省份的核查资质。最严重的南方某省，近半数核查机构的业务都有利益冲突。
57号文明确规定，核查机构与从事碳资产管理和碳交易的公司不能存在资产和管理方面的利益关系，如隶属于同一个上级机构等；核查机构没有参与任何与碳资产管理和碳交易的活动，如代重点排放单位管理配额交易账户，通过交易机构开展配额和自愿减排量的交易，或提供碳资产管理和碳交易咨询服务等，否则就属于利益冲突。
两位知情人士透露，有些碳资产管理公司为获取控排企业的碳资产管理订单，不惜免费为企业开展核查工作。
“一些地方政府觉得，国家没有规定，什么都可以干。”其中一位知情人士说，“我赞同57号文明确的利益冲突，特别是经营碳资产公司又干核查的，这样的利益冲突，要闹笑话。”
