生物质发电主要包括农林生物质发电、垃圾发电、沼气发电，而在中国应用最为广泛的是农林生物质直燃发电。作为农业大国，中国的农林生物质资源十分丰富。中国农作物耕地面积18亿亩，每年各种农作物秸秆可收集资源量达6亿多吨；此外，我国现有林地面积约3亿公顷，每年可供能源转化利用的资源总量约为3.5亿吨。可观数量的农林生物质资源若被有效的用于生物质发电，所带来的经济、社会乃至环境效应将十分可观。我国农林生物质发电行业整体起步不久，但发展迅速。
“十一五”期间，我国已实现生物质发电装机550万千瓦，其中农林生物质发电装机190万千瓦，居各类生物质发电首位。根据国家“十二五”规划，至2015年我国生物质发电装机规模将达到1300万千瓦，其中农林生物质装机实现800万千瓦，占比超过60%，其“十二五”期间的年均复合增长率将达到33%。
国内农林生物质发电小企业众多，行业发展也一度缺乏强力政策支持。然而自2010年以来，包括农林生物质上网电价政策、战略新兴产业规划、生物质“十二五”规划在内的一批指导政策的密集出台，对农林生物质发电行业的规模、技术路线、定价方针等都做出了进一步的细化，极大地提升了农林生物质发电行业的吸引力。不断有新的企业进入相关领域，而部分拥有先发优势的企业也有进一步扩张的计划。
但眼下的现实并未完全如预想般令人乐观。A股的农林生物质电力标杆企业凯迪电力在1月发布公告，其2012年全年完成上网电量46436万千瓦时，同比下降5%，而单厂月均发电量则较2011年下降超过三分之一。即使将公司经营整顿的因素排除，其发电水平仍显著低于2011年同期。同月，龙源电力亦公开表示，由于旗下生物质发电项目亏损，因此在“十二五”期间将不再发展生物质发电项目，并将择机剥离生物质发电业务。
上述两家企业的情况在2012年绝非个例，这代表了整个中国农林生物质发电行业在经历了突飞猛进之后所面临的尴尬境地，而许多企业都将矛头指向了燃料供应。中国的农林生物质发电主要使用农作物秸秆作为燃料，因而燃料的采购成本和供应的稳定性，成为影响农林生物质发电企业的盈利性甚至经营可持续性的核心因素之一。
一座典型的2*12MW农林生物质直燃电厂，在较为理想的负荷状态下每天消耗秸秆500-600吨，而中国散户种植居多的农业特性，使得秸秆的大批量收集与采购存在一定的复杂性，不但增加了收购队伍的管理难度，也无形中提高了燃料供给的质量隐患和稳定性风险。许多农林生物质发电企业所依赖的秸秆采购中间商，不但占取利润，还对不断出现的原料质量问题负有一定的责任。
与此同时，多家农林生物质电厂在同一范围内“争食”的现象普遍存在。发改委在2010年发布了《关于生物质发电项目建设管理的通知》，明确规定每个县或100公里半径范围内不得重复审批新的生物质电厂项目，但不仅2010年前部分已建成的项目存在区位较为密集的问题，2010年之后的部分新建项目也存在着未能严格执行上述通知的情况。这不但使得燃料匮乏成为公开现象，燃料采购半径超过100公里甚至更远的电厂也不在少数。原料供应难的问题直接导致了企业发电量下降，进而显著影响企业的盈利性，“战战兢兢运营，甚至开工即亏损”，成为了不少农林生物质发电企业面临的严峻挑战。
挑战还体现在飞涨的燃料价格上。生物质发电企业之间的竞争加剧，农村劳动力成本的提高等因素，使得秸秆的采购价格、运输费用、人工成本均大幅增加，目前的入炉价格普遍在300元甚至350元以上。鉴于目前燃料成本通常占农林生物质度电成本的60%-70%，面对不断上涨的燃料成本和并未作调整的标杆电价，许多企业经营已十分吃力。
原料供应影响了许多农林生物质发电企业的运营，而国内不同地区的自然气候差异之大，也增加了国内农林生物质发电企业“跨区”发展的难度。例如，国能生物在东北地区的生物质发电项目，与粤电在广东湛江运营的项目，二者不论是原料的选择、收集、储存、乃至针对燃料热值和加工特性所涉及的设备的选择和维护等方面，都存在着差异，这对希望跨区域扩张的大型企业在技术和运营经验方面提出了很高的要求。
目前国内农林生物质发电行业所面临的困境，是整个中国可再生能源行业发展现状的一个缩影。任何行业在经历高速发展之后出现一定的调整都是必然的，而对农林生物质发电这样的兼具环保、惠农等效应的朝阳产业，我们在重视问题的同时，断不可一言蔽之，应该保持谨慎的乐观。一座典型的农林生物质发电厂，不仅大量消耗了农林废弃物，其硫化物、氮氧化物及粉尘等污染物的单位排放浓度亦很低。与此同时，对秸秆等燃料的采购在不影响正常农耕的前提下补贴了农民收入，其社会意义显著。
农林生物质发电行业走出困境需要企业与政府主管部门的共同努力。一方面企业需要大力提升精细化管理能力，加强研发水平，另一方面也需要主管部门在政策制定、补贴发放、项目审批等方面加强引导的同时适度提升支持力度，共同推动中国农林生物质发电行业的健康发展。
