2019年之前，可再生能源附加一直由电网公司代收，征收率维持在85%左右。根据财政部的公开信息，仅2012~2017年的6年间，就有约620亿的可再生能源附加被拖欠（如下表所示），主要原因是燃煤自备电厂的欠缴。
为了解决这一问题，2018年3月份，国家发改委下发了《燃煤自备电厂规范建设和运行专项治理方案（征求意见稿）》，追缴自备电厂拖欠的、包含可再生能源附加的政府性基金。
然而，电网公司毕竟是企业，没有执法权，在实际执行过程中，会遇到困难。
不同于电网公司，税务部门作为国家机构，拥有行政处罚权！对违反税收行政管理秩序的行为，有给予物质或者非物质制裁性处理的权力。通过税务部门的硬核执法，保证政府性基金的征收率，实现应收尽收（文件原文链接点击文末“阅读原文”查看）。
2018年12月7日，财政部下发《关于将国家重大水利工程建设基金等政府非税收入项目划转税务部门征收的通知》（财税〔2018〕147号）：从2019年1月1日，包含可再生能源附加的11项非税收入项目，划转至税务部门征收。
文件提出：1）2018年以后，年度汇算清缴工作由税务部门负责。缴纳义务人或代征单位应当按照规定的期限和程序，向税务部门申报和缴纳相关非税收入。2）以前年度应缴未缴的非税收入，由税务部门负责征缴入库。
一方面，未来的可再生能源附加将保持较高的征收率，每年可以多征收100多亿元；另一方面，往年欠缴的600多亿将会被追缴入库。
这两项政策，虽然无法解决目前存在的补贴缺口问题，但在一定程度上可以缓解补贴缺口的扩大。
2018年12月25日，国家税务总局也下发了2018年第63号公告，《关于国家重大水利工程建设基金等政府非税收入项目征管职责划转有关事项的公告》，进一步落实可再生能源附加等的征管工作职责划转。
