二是环境保护税到底包括哪些税目。《环境保护法》是环境保护的综合性、基础性法律，虽然不是环境基本法，但是它对环境保护各领域的工作还是具有指导作用的。环境保护税是环境保护工作的一个主要措施，如制定《环境保护税法》，其适用范围应当与《环境保护法》基本相匹配。按照《环境保护法》的规定，环境保护工作不仅包括污染防治，还包括生态保护、自然资源保护和环境交易的行为，而意见稿第2条规定：“在中华人民共和国领域以及管辖的其他海域，直接向环境排放应税污染物的企业事业单位和其他生产经营者为环境保护税的纳税人，应当依照本法规定缴纳环境保护税。”第3条规定：“本法所称应税污染物是指大气污染物、水污染物、固体废物、建筑施工噪声和工业噪声以及其他污染物。”可以看出，意见稿所指的环境保护税仅针对排放污染物的行为，是《排污费征收使用管理条例》的翻版，没有针对生态建设、自然资源和环境交易，范围过窄，没有新意。基于此，一些人认为，这个法律最终变成仅为环境保护部门适用的部门性法律。今后，国土资源部若力推《自然资源税法》的制定，国家林业部等部门若力推《生态保护税法》的制定，将进一步加剧部门立法的分割。
三是环境保护税重点调节哪些重点监控产业。根据意见稿的规定，环境保护税重点监控（排污）纳税人是指火电、钢铁、水泥、电解铝、煤炭、冶金、建材、采矿、化工、石化、制药、轻工（酿造、造纸、发酵、制糖、植物油加工）、纺织、制革等重点污染行业的纳税人及其他排污行业的重点监控企业。我们认为，这一规定看起来很全面，但因为不同类型的企业排放有不同种类的污染物，故缺乏进一步的可操作性，应当列举大气污染防治的重点监控（排污）企业、水污染防治的重点监控企业、固体废物排放重点监控企业、噪声排放重点监控企业的形态。对于这些重点企业，也应当分工艺开展分类的规范。对于重点监控企业，也应当采取做加法和做减法相结合的方法，予以规范。对于可以改造或者升级换代的企业，应当用税收优惠措施支持它们改造或者升级换代，继续发挥他们在就业和税收贡献方面的作用；对于不能改造或者升级换代的企业，要用税收的杠杆手段，逼迫他们退出市场，为新型工业的发展腾出环境空间。
四是如何处理环境保护税和排污权有偿使用费的关系。目前，国家正总结11个省份在排污权有偿使用和在排污权交易方面的试点情况。总结之后将结合经验和问题，出台统一的政策，按照《生态文明体制改革总体方案》和“十三五”规划的要求，在全国推行。环境保护税和排污权有偿使用费都是针对排污企业的排污行为征收的费用。对于排污权有偿使用费，学者们普遍认为，其是一个“权利费”；对于环境保护税，其是按照“环境补偿”的原则对排污行为实际征收的费用。前者作为一个权利可以交易，一般来说，应当是永久的，但是按照财政部等部委出台的文件，这个权限只有“三到五年”，所以又不像是一个资格性的权利，在此情况下，还征收环境保护税，产业界理解不了。也就是说，如何处理环境保护税和排污权有偿使用费的关系，没有理顺，学界和产业界的争议仍然很大。在实践中，北京、天津已经大规模上调排污费至8-20倍，湖北2015年上调排污费一倍左右，已经起到调节经济行为、促进环境保护的效果，有的不太愿意对现有企业再征收排污权有偿使用费。基于此，建议《环境保护税法》在制定时，要理顺各种税费的关系，只要达到了环境保护的效果，就要果断减少征收费用和税收，以减轻企业的负担。
五是环境保护税征收标准的统一和灵活性问题。有人担心，环境保护税的推出会增加企业的成本，导致中小企业无法承受，进而最终由消费者来买单。我们认为，目前经济下行压力比较大，如果费改税工作做的很好，就不会出现这种问题，反之就会出现大问题。根据研究，只要是达标排污和符合总量排污的合法企业，就不可能增加企业的成本。不过，我国东部地区和其他发达城市，领先西部地区二十到三十年，在这种情况下，环境保护税的征收不要一刀切，要考虑地区差异。差异若过小，不利于落后地区的经济发展；差异若过大，会促使污染企业跨地区转移。从目前的排污权有偿使用来看，对于一吨COD的价格，有的发达省份为6000元左右，有的中西部地区仅为200多元。价格很低的省份，环境污染就重一些，价格很高的省份，环境质量就好一些，环境保护税征收标准的确定，应当避免这一教训。另外，就作用而言，不能就税收而谈税收，环境保护税应当和环境规划等关键性改革措施有机地结合起来。下一步，应在京津冀、长三角、珠三角等大区域的范围内开展“多规合一”工作，统筹区域内的产业结构和产业布局，既发挥各地的产业和资源优势，也平衡各地的经济和社会发展，防止各地产业重复和无序竞争的现象重演。环境保护税的征收如果和“多规合一”等措施结合起来，环境保护和经济发展的双重效果将相当好。
此外，立法规范的设计还要加强部门联动，提高环境保护税收制度的实施效果。如何科学设计《环境保护税法》，让各方共享生态文明体制改革的红利，应该在该法中建立健全相应的配套制度，如环保部门、税收部门以及其他相关部门如何有序衔接，克服地方保护和部门分割主义，通过联动机制加强征缴监管等问题，及时调整税率等，值得深入探讨，为此，需要建立统一的内部工作平台和信息公开外部平台，提高监管效率，防止偷逃税以及违法减免税等情况发生。另外，应当建立统一的考核机制，防止部门之间协同和配合不足的现象。只有解决了这些问题，环境税法才会得到有效实施。
