中国农村能源行业协会生物质能专委会秘书长肖明松在接受本报记者采访时说，国内已经投产的生物质电厂现在停产的遍地都是，山东、江苏、河北是生物质发电厂亏损较为厉害的省份。“员工成本和原料成本蹭蹭地上涨而电价却是微小地浮动或者是不动。”
深陷亏损之中的企业们普遍将亏损原因归结为燃料供应不足，不能保障运行时间；生物质能源经济效益低；以及政策补贴不到位。中国经济时报记者在采访中发现，采用不同锅炉的生物质电厂，其发电量、年利用小时数差异巨大，有些项目的设备年发电量甚至不到平均水平的50%。
肖明松认为生物质能源产业中小微企业众多，大部分企业技术落后、管理水平不高、能源利用效率不高，企业的效益堪忧。同时，生物质电厂的原料收集缺乏连贯完善的收集系统。企业的逐利性加上地方政府出于招商引资的需要，忽略了产业的规划需求，而造成生物质发电厂密集，争抢原料，“吃不饱”。而国际经济环境的恶化，欧债危机影响到碳减排交易下降也是企业亏损的原因之一。
国煤惠民能源技术（北京）有限公司项目负责人杨先生说，生物质直燃发电燃料主要是秸秆、农林废弃物或者含水量较大的垃圾，这些燃料热值低，建议最好经过生物质燃料生产企业进行相应地转化，改变物理或者化学结构后再使用。生物质发电企业要想扭亏为赢，必须要想办法解决原料成本上升而能源价格固定两者间的矛盾。“这个成本企业如何消化？而补贴也不是随意就可以拿到的。”
这种依靠财政补贴来发展的模式正在受到一些企业的质疑，他们认为企业应当加强内部管理。国能生物发电集团有限公司的一位人士告诉记者，一个涉农的生物质发电行业，如果人员管理不到位，将导致燃料价格管理不善，推高成本，很轻易就会把生物质发电的利润消耗掉。“如果当地资源量合适，原料供应模式合理，锅炉和上料关键设备选型科学，国内生物质发电企业完全可以做到7000多小时以上的年利用小时数，能够盈利。
